现行集体土地征收制度的本质是国家基于公共利益需要实施征收，并由国家依法给予公平合理补偿的制度，对于因历史原因未办理房屋产权证的房屋，行政机关在没有充分证据证明该房屋属于违法建筑的情况下，不宜认定为违法建筑。行政征收中，应当综合考量未办理产权登记的历史原因、土地价值、房屋用途和周边类似房屋市场价格等因素，确定补偿标准，不宜径行以违法建筑为由不予补偿。

涉案房屋未依照法定程序取得建设规划部门的审批，更未依法办理产权登记，不能认定已转化为合法建筑。但涉案房屋在建设和使用过程中，取得了土地所有人村委会同意，也得到有关部门的认可和支持。当事人基于对政府相关部门的信赖对涉案房屋的建设使用所作的相应投入，依法应予合理补偿。行政机关未充分考虑涉案房屋在当地特定时期和政策背景下的特殊性，对当事人在其信赖利益范围内的相应投入、产生的损失未予综合考量和合理保护，明显不当。